Wordokuの目的は、各行、列、およびサブグリッドに、可能なエントリーのうち正確に1つ（通常は、1〜9の数字またはアルファベット）を埋めることである。同じ行、列、サブグリッドに同じ項目があると、矛盾が生じます。

ペンシルモードとペンモード
ペンモードまたはペンシルモードでエントリーを入力することができます。ペンモードは、ボックス内の入力に確信がある場合に使用します。鉛筆モードは、ボックスで可能な複数の選択肢を追跡する場合に使用します。ペンシルモードのエントリーは、小さなサイズで表示されます。ペンシルモードでは、キーを押すと、そのエントリーが現在のボックスのオプションとして切り替わります。ペンモードとペンシルモードは、メニューバーの各オプションをクリックするか、スペースバーを押すことで切り替えが可能です。

アシスト
パズルに行き詰まったときは、パズルの上部にあるアシストをクリックしてください。答えにたどり着くまでの道筋を示すヒントを得ることができます。また、グリッド全体を表示することもできます。1マスのみ、またはグリッド全体を確認することができます。間違った文字は上書きされるまで赤で表示されます。

クリア
クリアオプションを使用すると、グリッド全体がリセットされます。空のグリッドが表示され、時計はゼロに戻されます。
元に戻す／やり直し
これらのオプションは、「アシスト」メニューの下にあります。Undo（元に戻す）を使って、ペンや鉛筆で記入した内容とグリッドへの影響を元に戻します。やり直し機能を使って、元に戻した操作を元に戻す。

プリント
印刷メニューでは、空のパズル、文字が塗りつぶされたグリッド、解答をすべて印刷することができます。コンテストモードのパズルでは、解答を印刷するオプションはありません。

タイマー
タイマーをオフにすることができます。Settingsをクリックすると、スイッチが表示されます。

一緒にプレイ
ナビバーの “Play Together “オプションを使って、友だちを招待して一緒にパズルをプレイすることができます。接続すると、友だちのアイコンが緑色になります。どちらかがインターネットから切断されると、アイコンは赤になります。どちらか一方がアクティブでない場合は、アイコンがグレーになります。あなたとお友達が同時に文字を入力できるようになりました。右下のチャットアイコンをクリックすると、友だちと会話することができます。(どちらかがモバイル端末を使用している場合は、チャットは利用できません）。